تقوم البنية التنظيمية لصندوق التنمية والتشغيل على اساس السعي الى تحقيق تكامل وظيفي في اداء مديرياته المختلفة بما يساعد على تحقيق:
 
  
- رسالة الصندوق واهدافه واستراتيجية عمله لتحقيق هذه الاهداف.
 
- تبسيط الاجراءات الادارية في التعامل مع الجمهور.
 
- تحقيق اكبر قدر من المرونه في اتخاذ القرارات على مستوى الادارات المتوسطة والصغيرة.
 
- تحقيق الفاعلية القصوى للمصادر البشرية والمادية المتاحة بأقل جهد لافضل انجاز.
 
- تحييد التقاطع في عمليات الوحدات والتداخل بين انشطتها.
 
- تحقيق النوعية في العمل الى جانب الكم المخطط له.
 
- تحقيق فاعلية النظام الرقابي الداخلي في ممارسة الانشطة وتقييم نتائج العمليات.